Fondata a merito della Caterina Eremita di Sant'Agnese nel 1497, fu rinnovata ed ampliata nel 1502 per la pietà di Luigi Malipiero sul modello di quella a Santa Maria Maggiore in Roma.
Nel 1805 le monache del convento annesso vennero concentrate con quelle della Croce e per decreto 26 novembre 1806 il monastero fu conse­gnato ai militari . Fu poscia ceduta all' Ammi­nistrazione dei Tabacchi e, attualmente all’Amministrazione Penitenziaria.
Il campanile di stile ar­chiacuto è alto m. 33 e a punta come quello di S.Barnaba e sovr’esso è lo stemma Malipiero.